Fafo har ansvar for driften og den faglige utviklingen av forumet. Det innebærer å drifte nettsiden, lage nyhetsbrev og faktaflak, og arrangere seminarer og workshops.
Vinkling og prioritering av problemstillinger skjer i samarbeid med referansegruppen. Fafo Østforums referansegruppe består av én representant fra hver av de 23 deltakerne.
Aktivitetene finansieres gjennom en deltakeravgift på kr. 45 000 (i 2023).